Il nome Fragneto deriva da "FARNETUM", cioè bosco di farnia, una varietà di quercia diffusa in passato sul territorio. Le prime notizie storiche fanno risalire ai nobili Longobardi beneventani la fondazione del "castrum" o borgo intorno all'anno Mille. Nel 1010 compare l'appellativo "Monteforte" che diverrà "Monforte" a partire dal secolo XVII. Accanto a questo primo feudo, nelle antiche carte viene menzionato un secondo, denominato "Fragneto Rao Pinella" dal nome del feudatario dell'epoca Rao de Marcia, detto Pinella, da cui deriva il nome della contrada Rapinella. Nel 1180 Rao donò al monastero di S. Sofia di Benevento la chiesa di S. Maria con annessi beni, probabilmente la stessa che trovasi oggi in località Rapinella, ridotta ormai a rudere.

In epoca normanna (1150-1168) Fragneto Monforte è menzionata spesso nell'elenco dei feudatari. Nella prima metà del XII secolo apparteneva a Bartolomeo. Questa famiglia, grazie ad un'accorta politica e a matrimoni mirati, in epoca angioina riuscì ad ingrandire i propri possedimenti e a conservarli per più di tre secoli.

Nei secoli XIV e XV Fragneto Monforte attraversa tragici eventi: prima il terribile terremoto del 1349, poi l'occupazione degli Aragonesi e la successiva riconquista da parte degli Angioini, nel corso delle lotte per la successione al trono di Giovanna II, e ancora il disastroso sisma della "notte di S.Barbara" del 1456, che distrusse il borgo dalle fondamenta. Fu ricostruito nello stesso luogo in breve tempo, ma le sciagure continuarono.

Nel 1460, in periodo aragonese, Cola II Monforte, signore anche della contea di Termoli, si ribellò al re Ferdinando I che fece devastare le contee ribelli. In seguito, con il perdono, le restituì in parte al figlio Angelo Monforte. Sotto il dominio di Cola II Monforte i feudi raggiunsero la massima potenza ed estensione. I suoi possedimenti in Capitanata, in Principato Ultra e in Molise formavano un vero e proprio stato che andava dal Sannio all'Adriatico, con il diritto di coniare monete. La sua ribellione al potere centrale era dettata da spirito di autonomia oltre che da una politica antiaragonese. All'arrivo di Carlo VIII, re di Francia, su tutte le terre dei Monforte, reintegrati nel loro pieno possesso dal conte di Valois, viene inalberato il vessillo francese.

Dopo il fallimento della spedizione ad opera della Lega Santa, il 2 giugno 1496 Ferdinando II con i suoi alleati mette a sacco e a fuoco Fragneto tra immense atrocità, generando il mirabile evento della Madonna della Rondinella. Si apprende, infatti, da documenti storici, che una rondine poggiatasi sulla mano del bambino Gesù agitando le ali respinse le fiamme che ormai avevano divorato interamente la chiesa, la tela raffigurante l'immagine della Madonna fu così salva. Il quadro oggi è esposto nella chiesa di Santa Maria la Nova a Napoli.

Con la sconfitta francese termina il dominio dei Monforte, i cui possedimenti vengono riconfermati da Federico d'Aragona ad Andrea di Capua, che ottiene anche il titolo di conte di Campobasso e di Montagano. Nei successivi 90 anni il feudo di Fragneto sarà venduto ben 5 volte.

Nel 1584 entra in possesso della famiglia Montalto, che nel 1612 riceverà il titolo di duca di Fragneto e lo conserverà fino all'abolizione della feudalità. Agli eredi della famiglia Montalto appartiene oggi il palazzo ducale, ben conservato, grazie ai vari restauri, tra cui quello operato agli inizi del secolo XVII da Massimo Montalto, primo duca di Fragneto. Imponente è il portale del secolo XVIII sulla cui chiave d'arco è impresso lo stemma della casata con gli emblemi dei Caracciolo.